Несмотря на то, что он родился в Москве 15 декабря 1980 года, рос и учился в самых разных местах - от Камчатки до США и Канады. Его родители развелись, какое-то время мальчик ездил вместе с матерью, которая работала переводчицей, но в подростковом возрасте он вернулся к отцу. По словам актера, ребенком он был сложным, мать не справлялась с ним. Отец отвел Юрия в киношколу, тот стал играть в школьных спектаклях и попал на пробы к мэтру советской режиссуры Савве Кулишу, который утвердил его на эпизодическую роль мальчишки-беспризорника в кинокартине "Железный занавес". Среднюю школу Колокольников закончил экстерном в пятнадцатилетнем возрасте и сразу поступил в Щукинское театральное училище.

Колокольников начал сниматься в кино рано и много – у знаменитых режиссеров Петра Тодоровского , Владимира Меньшова . Серьезным дебютом, после которого пришел настоящий успех, стала роль разведчика Блинова в фильме Михаила Пташука "В августе 44-го" (2001 год). Трудно было не затеряться среди "звезд", снявшихся в киноленте, но Колокольников запомнился зрителям.

Попробовал Юрий Колокольников счастья и в Голливуде, в 2000 году он попытался пробиться в большой кинематограф, год перебиваясь на различных заработках - официантом, грузчиком, курьером. Американская мечта не сбылась, актер вернулся в Москву.

Его много снимали в сериалах, среди которых самые известные "Убойная сила", "Дети Арбата", "Дневник убийцы", "Герой нашего времени". Сыграл Колокольников в популярном англо-американском сериале "Игра престолов. Надо отметить, что у актера есть канадское гражданство, что облегчает ему возможность участия в подобных проектах.

Режиссеры Алексей Чупов и Наталья Меркулова, задумывая фильм «Интимные места», предложили Юрию Колокольникову главную мужскую роль, точнее, одну из главных, так как фильм представляет собой альманах, рассказывающий несколько историй наших современников, которые пытаются найти себя в перевернутом мире, где страсти либо подавлены, либо вырываются наружу таким образом, что пугают самих героев. Персонаж Колокольникова - фотохудожник, который снимает те самые интимные места, причем он активно пользуется ненормативной лексикой, описывая свое творчество. Его партнерши по картине - прекрасные актрисы Олеся Судзиловская (Светлана, подруга художника) и Юлия Ауг (Людмила Петровна, мелкая чиновница). Фильм получился эпатажным, отмеченным кинокритикой и зрителями.